L'introduction met en scène Ryô poursuivant un criminel dans un bâtiment abandonné. Le méchant fait exploser ses bombes et pense s'être débarrassé de City Hunter. Il se précipite sur le toit, tout content d'avoir éliminé le meilleur tueur dans le milieu. Mais, voilà qu'on lui tire dessus. C'est Kaori qui l'attendait sur le toit. Il n'en croit pas ses yeux. Il ne savait pas que City Hunter était 2. Ryô sort lentement de l'ombre de l'escalier et sourit.
Le générique de début résume bien l'histoire de City Hunter. Kaori qui doit réveiller Ryô le matin pour qu'ils aillent travailler. Saeko qui est là pour demander à Ryô un service en échange de nuits avec elle, Kaori jalouse. Puis, passage dans un club où Kaori danse et Ryô adossé à un pilier boit un cocktail. Soudain, un laser sur la tête de Kaori, Ryô se précipite pour la pousser et tuer l'assassin. Il aide Kaori à se relever et ils s'en vont ensemble.
Un avion privé venant de la République du Guinam atterrit à l'aéroport de Tokyo. Le passager est un certain James McGuire. L'endroit grouille de policiers chargés de le protéger. James voit un des agents, une femme et la reconnaît comme étant Anna. Plus tard dans sa chambre d'hôtel, le Harbor View, McGuire reçoit un coup de téléphone menaçant sa fille. Apparemment, McGuire connaît son interlocuteur.
On retrouve Ryô en train de saliver devant une cassette érotique dans un magasin. Kaori vient le chercher pour aller travailler, mais sur le tableau, il n'y a que la demande d'un homme. Evidemment, Ryô ne veut pas travailler pour un homme et réussit à échapper à la surveillance de Kaori.
En sortant de la station, il voit sur l'écran du studio Alta, le code XYZ et la cliente est vraiment belle. Elle s'appelle Rosa Martinez. Il part avec elle en voiture et essaie de la draguer. Ils arrivent dans un bâtiment officiel. Le véritable client est James McGuire, le candidat à la présidence du Guinam et chef du mouvement démocratique. Il est considéré comme un libéral et son adversaire sera un militaire réactionnaire. McGuire a été arrêté quand il était jeune et a passé 16 ans en prison. Ryô n'accepte de travailler pour lui que si Rosa accepte de passer une nuit avec lui. On entend alors Kaori crier. Une certaine Anna des services secrets ne veut pas la laisser passer. Rosa lui dit que M. McGuire veut rencontrer Ryô et Kaori.
McGuire veut que City Hunter protège Anna qui est en fait sa fille. Elle a les mêmes yeux. Il raconte alors son histoire. 18 ans auparavant, la mère d'Anna est morte dans un accident et Anna a été envoyée au Japon en sécurité. McGuire ne l'a pas vu depuis. Mais, Anna faisant partie des services secrets a été assignée à sa protection. Personne ne sait qu'Anna est la fille du candidat, parce qu'elle avait honte de son père. Officiellement, City Hunter serait chargé de protéger McGuire. En fait, c'est Saeko qui a recommandé les services de City Hunter et en profite pour réduire sa dette envers Ryô parce qu'elle lui a présenté 2 belles femmes, Rosa et Anna.
Saeko explique à Kaori que si l'on venait à découvrir la véritable identité d'Anna, elle pourrait perdre son travail. Ils ne peuvent pas se permettre que la fille d'un candidat soit blessée, mais Anna est entrée dans les services secrets par ses propres moyens. Et Saeko peut s'identifier à elle. Les relations entre Anna et son père ne sont pas chaleureuses. Ryô essaie évidemment de rendre une visite nocturne à Anna et à Rosa. Mais, Kaori garde Anna et Rosa sait se défendre puisqu'elle faisait partie de l'armée de libération du Guinam, dans ses jeunes années.
Pendant son sommeil, Anna fait un cauchemar qui ressemble plus à un terrible souvenir. Elle est une petite fille et un jour, elle entend un coup de feu. En sortant de sa chambre, elle voit son père une arme à la main et sa mère à terre, morte. Evidemment, elle est traumatisée.
Le lendemain, ils se rendent tous à la mairie de Tokyo, symbole du modernisme du Japon. Alors qu'ils vont entrer dans le bâtiment, Ryô voit une lueur venant de l'immeuble d'en face. Il réagit rapidement et met Anna hors de danger, mais il est clair maintenant qu'elle est la cible d'un tueur qui sait maintenant que son adversaire est le redoutable City Hunter.
Alors que Falcon et Miki reviennent de shopping, Falcon entend la voix du tueur appelant un taxi et apparemment, il le connaît.
Les autorités ont fait croire aux médias que McGuire était la cible, donc Anna ne sera pas renvoyée. Visiblement, Anna déteste son père et ne veut pas être protégée. Elle pense que son père a tué sa mère et le lui reproche en public. Il explique pourquoi elle pense cela. Il y a 25 ans, sa femme qui était infirmière s'est portée volontaire dans un service de santé mondial pour aller au Guinam. Elle a compris la situation et s'est opposée au gouvernement aux côtés de son mari. Quand McGuire eut un différent avec Gonzalez et Peter sur la manière de conduire la résistance. Le ton est monté et ils ont dégainé. Sa femme s'interposa et fut touchée par une balle destinée à son mari. McGuire riposta et il blessa Peter. Ses 2 compagnons s'enfuyèrent. Anna âgée alors de 6 ans sortit à ce moment là et un malentendu naquit.
Ryô retrouve Rosa au bar parce qu'elle avait l'air assez touchée par l'histoire de McGuire. Elle était très proche de Peter. Il était l'un des meilleurs combattants de la résistance. Elle n'avait que 18 ans. Peter est mort des suites de ses blessures. Rosa est devenue la secrétaire de McGuire pour continuer son combat pour la libération et voir si James était digne de devenir président. Ryô s'en va sans essayer de la séduire, ce qui la surprend, mais là, l'humeur n'y est pas.
Sur un paquebot, Gonzalez vend de la drogue pure à 90% et fait un rabais de 10% pour son client (cf photo de gauche), histoire d'avoir des contacts privilégiés au Japon pour facilement écouler sa marchandise.
Dans un restaurant, Ryô rencontre son informateur Gen, le propriétaire du "GEN", le magasin de vidéos érotiques du début. Gen reconnaît le type de munitions utilisées par le tireur. Elles sont faites spécialement pour des armes de haute précision, comme celles utilisées par un dénommé Dunkerque, un tueur à gages qui accepte n'importe quel contrat et il est actuellement au Japon. Il veut devenir numéro un sur le marché. Son patron actuel est Gonzalez, le plus gros trafiquant de drogue du Guinam.
Le lendemain, ils se rendent dans un hôpital. McGuire tient à en visiter un pour pouvoir construire les mêmes infrastructures modernes au Guinam. C'était un changement de dernière minute. Kaori enferme Ryô dehors pour qu'il n'embête pas les infirmières. Anna se montre un peu nerveuse et ne permet à personne de s'approcher de McGuire. Elle faillit même tirer sur un enfant qui avait un pistolet en plastique. Son patron l'envoie inspecter les environs pour lui permettre de retrouver ses esprits. Dans sa patrouille, elle accepte d'aider un homme en chaise roulante qui veut entrer dans un ascenseur. En fait, c'est un piège. Un autre homme les attend et elle est chloroformée. Kaori est dehors pour punir Ryô qui poursuit les infirmières de ses avances. Ils voient les kidnappeurs et partent à leur poursuite en voiture. Ils arrivent sur les quais d'où les malfaiteurs essaient de s'enfuir en bateau. Ryô réussit à les descendre tous les deux, accélère pour arriver au niveau du pont avant le bateau, saute du pont et sauve Anna. Beaucoup d'actions dans cette scène.
Saeko essaie de convaincre son père (cf photo de gauche), préfet de police, de ne pas renvoyer Anna. Il fait un chantage à sa fille. S'il arrive quoi que ce soit à Anna, Saeko devra rencontrer quelques prétendants. Kaori réconforte Anna qui pense qu'elle n'est pas digne de travailler dans les services secrets parce qu'elle n'a pas pu se défendre elle-même. Saeko lui apprend qu'elle n'est pas renvoyée et qu'elle peut encore travailler. Saeko prend cette histoire très à cœur parce qu'elle s'est elle-même trouvée dans cette situation difficile de faire son chemin par ses propres moyens, sans l'influence de son père.
Ryô vient chercher Anna à sa sortie d'hôpital avant que Kaori n'y arrive. Il veut passer la journée avec Anna. Celle-ci l'emmène dans les endroits qu'elle fréquente habituellement, séance de méditation, musée d'art, la bibliothèque, … Ryô commence à s'ennuyer. Il veut la faire changer de façon de s'habiller, avec des robes plus courtes. Il faut qu'elle tire avantage de son charme. Les bandits sont en général des hommes qui perdraient tous leurs moyens en la voyant, comme Saeko qui obtient des résultats remarquables. Elle le rejette et veut qu'il reste loin d'elle. Elle finit par se sentir coupable et entre alors dans un magasin pour acheter une robe sexy. Mais, au moment où elle se retourne pour lui demander son avis, il n'est plus là. Elle devient triste. Qui voudrait passer du temps avec une fille aussi ennuyeuse?! Mais, en fait, Ryô s'était absenté pour lui trouver les sous-vêtements allant avec la mini-jupe. Anna en est émue.
Ils finissent dans un bar où Anna le remercie de lui avoir sauvé la vie 2 fois. Elle veut savoir qui il est en réalité. Il lui fait penser à son père. Leurs points communs ne sont pas tous positifs. Elle ne pense pas que les hommes qui se battent sans se soucier du reste soient plus admirables que les non-violents. Ryô pense qu'il faut se battre en suivant son cœur et que si McGuire n'avait pas cette qualité, le peuple ne le suivrait pas. Anna n'a aucun bon souvenir de son père, mais Ryô pense que c'est parce qu'elle a fermé hermétiquement son cœur. Si elle se laissait aller à ses sentiments, les bons souvenirs ressurgiraient.
Anna et McGuire se rendent sur la tombe de sa mère. Anna lui dit qu'elle ne peut pas encore lui pardonner la mort de sa mère, même s'il n'a pas appuyé sur la détente lui-même. Rosa les attend sur le belvédère d'où un hélicoptère l'enlève. Dunkerque empêche Ryô d'intervenir en lui tirant dessus. Umibozu surgit de nul part en voiture et met le malfrat en fuite.
De retour à l'hôtel, ils n'ont toujours pas de nouvelles de Rosa. Ryô devine que Rosa a été enlevée par les hommes de Gonzalez et McGuire se sent coupable parce que Gonzalez est aussi l'homme qui a tué sa femme autrefois. Un jour, en fuyant les forces gouvernementales, McGuire était tombé dans une mine de diamants et l'avait dit à ses compagnons de lutte, Peter et Gonzalez, mais refusa de leur révéler l'emplacement exact de la mine. McGuire voulait garder la mine secrète pour développer le pays après sa libération. S'ils commençaient à l'exploiter de suite, les militaires s'en rendraient compte et ils la prendraient à leur compte. Ceci les mit en colère. Et Anna lui en veut encore plus qu'avant. Ryô reste seul avec McGuire pour parler. McGuire sait très bien que Rosa lui en veut pour la mort de son amant Peter, mais il sait aussi qu'elle est une patriote et qu'elle ne trahirait jamais son pays. Ryô aime beaucoup la confiance que McGuire a en la personne humaine. Kaori est avec Anna pour lui faire entendre raison. Elle envie Anna d'avoir un père et trouve que c'est dommage que leur relation soit si tendue, même après 18 ans.
Sur le paquebot de Gonzalez, on apprend que Rosa était en fait de mèche avec lui. Gonzalez veut tendre un piège à McGuire et Rosa compte venger la mort de Peter.
McGuire assomme ses gardes et part sauver Rosa lui-même. Il va se rendre aux hommes de Gonzalez pour un échange. Il est sur le point de partir en hélicoptère, quand Anna les rejoint. Elle est enlevée à son tour. Kaori ne peut rien faire et part avertir Ryô qui est avec Falcon. Celui-ci a un compte à régler avec Dunkerque. Ça date du temps où ils étaient mercenaires. Ils étaient rivaux. Sur le paquebot, Rosa avoue à James qu'elle l'a trahi, mais James lui pardonne. Gonzalez réclame la position de la mine de diamants. Il va tous les retenir en cabine le temps de vérifier les infos.
Pendant ce temps, Falcon, Kaori et Ryô sont en route pour le paquebot. Kaori reproche à Ryô son inefficacité. Anna est en danger, parce qu'il n'est pas intervenu alors qu'il savait pour McGuire. Ryô se défend que pour résoudre un problème, on doit le traiter à la racine. Falcon a une autre théorie. Ryô agit d'abord et réfléchit ensuite. Ryô réalise alors que Falcon est en train de conduire alors qu'il a des problèmes de vue.
En entrant dans la cabine, McGuire essaie de mettre chaos ses gardiens mais échoue. Il est à terre. Anna ramasse une petite poupée en laine qui lui appartenait. Elle avait été perdue il y a 18 ans dans la montagne. Mais, McGuire était allé la chercher en sortant de prison pour se raccrocher à quelque chose, puisque tout ce qui aurait pu lui rappeler sa famille était parti en fumée. Il prend la poupée partout avec lui et ça lui redonnait du courage. Cela émeut Anna qui se rend compte de l'amour que lui porte son père. Ils se réconcilient.
Falcon et Ryô s'introduisent sur le paquebot et font des ravages. Falcon s'occupe de Dunkerque et Ryô part sauver les prisonniers. Rosa décide de se racheter et délivre James et Anna parce que la mine de diamants sera très utile au développement du Guinam, mais ils se retrouvent capturés. Gonzalez révèle alors que c'est lui qui a tué Peter. Peter n'avait été blessé par James et Gonzalez l'a achevé, ensuite il dénonça James aux autorités. Rosa en est bouleversée. Elle a commis une terrible erreur et a détesté James pour un crime qu'il n'avait pas commis. Anna apprend alors que Gonzalez est aussi celui qui a tué sa mère. Ryô arrive à temps pour les sauver d'une exécution sommaire.
Anna en profite pour partir à la poursuite de Gonzalez. Elle tire sur l'hélicoptère de Gonzalez qui décide de revenir et l'éliminer. Rosa s'interpose et prend une balle à la place d'Anna. Anna demande le pardon de James qui sait qu'elle a toujours placé l'avenir de leur pays avant tout. Rosa demande alors à Ryô s'il aurait pu aimer une femme comme elle. Il lui répond que oui, elle est si belle. Rosa meurt et Ryô sent une grande colère l'envahir.
Ryô va s'occuper de Gonzalez qui se dirige à nouveau vers eux pour tous les abattre. Avec un calme effrayant, Ryô ne bouge pas d'un poil sous les tirs de l'hélicoptère et tire sur le réservoir. L'appareil va s'écraser plus loin en mer.
McGuire repart dans son pays et Anna promet de lui rendre visite. Ryô et Kaori observent le départ de loin. Kaori devine que McGuire aurait bien voulu emmener Anna avec lui, au lieu de la laisser au Japon, mais Ryô lui dit que les enfants doivent toujours finir par quitter les parents mais que ces 2 là resteront toujours unis par le cœur.
Après le générique de fin, on voit Anna qui rend visite à Ryô pour mettre à profit les leçons de Saeko sur la manipulation des hommes avec ses charmes. Et ça marche très bien.
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FILM : TV SPECIAL - SERVICES SECRETS 
