Tout commence dans un avion qui se dirige vers l'aéroport international de Tokyo. Un des passagers, un grand et ténébreux jeune homme, passe la douane qui prévient Saeko Nogami et ses hommes que le "professeur" est arrivé. Ils essaient de le suivre en voiture, mais l'homme réussit à les semer de façon ingénieuse. (Il frôle de provoquer un accident avec un bus sur la route et ainsi la voiture des policiers est bloquée et lui peut s'enfuir.)
On passe à Ryô qui court à toute allure dans les ruelles sombres de Shinjuku. Apparemment, il est poursuivi par des personnes très obstinées. Elles sont foule. Alors qu'il croît les avoir semer, un filet lui tombe sur la tête et il est prisonnier d'une foule de gens à qui il doit de l'argent. Ils veulent qu'il leur paie sa note. Une des créanciers est Erika, une femme gigantesque aux traits semblables à ceux de Falcon. Ryô est "torturé" par de très jolies animatrices de bar et club, qui veulent faire de lui leur esclave. Mais, le pire est à venir quand Erika veut aussi s'amuser avec Ryô.
Générique
Dans un théâtre, de jeunes danseuses répètent pour une nouvelle comédie musicale. Leur star reçoit des roses noires dans sa loge et pense qu'elles viennent de son frère. La jeune femme est brune aux cheveux courts et son costume de scène est un smoking blanc.
Ryô et Kaori vont à la gare de Shinjuku pour vérifier s'ils ont des clients. Kaori est en extase devant un poster grandeur nature de la danseuse du début et pour une fois, Ryô est content d'avoir un client pour pouvoir payer ses dettes. Il se moque de Kaori en pensant qu'elle donne dans le travesti. En fait, Emi Makase est la plus grande artiste du moment et toutes les jeunes filles rêvent de devenir comme elle. Et voilà, qu'une jeune femme les aborde et veut rencontrer City Hunter. C'est Emi.
Au Cat's Eye, Emi explique son cas. Elle veut retrouver son frère qu'elle n'a pas vu pendant 13 ans. Elle avait 9 ans quand il est parti de la maison et depuis la mort de leur parent, il est la seule famille qu'il lui reste. Elle aimerait tant qu'il assiste à sa première représentation. Après avoir vérifié qu'Emi était bien une femme, Ryô essaie de la séduire évidemment. Mais, Emi trouve en Falcon un protecteur inattendu. Il est aussi un des ses fans. Pour les aider dans leur recherche, Emi propose d'aller chercher la photo de son frère qui se trouve dans sa chambre dans un pensionnat de jeunes filles. Ryô en est évidemment tout excité. Dehors, l'inconnu de l'aéroport observe le Cat's Eye de sa voiture.
Ils se rendent ensuite au pensionnat d'Emi pour récupérer la photo. Mais, Kaori attache Ryô au volant de la voiture avec une paire de menottes et ce pour l'empêcher de draguer les jeunes filles. L'inconnu se tient en haut d'une tour à proximité du pensionnat avec un fusil à lunette de visée. Il tire sur Ryô qui est toujours dans la voiture, brisant les menottes. Ryô court vers l'immeuble et fonce pour protéger Emi. Il arrive comme une tornade pour écarter Emi du chemin d'une balle qui traversa la vitre et puis la photo qu'Emi allait montrer à Kaori. Elle fit un trou à l'endroit du visage de son frère. Il n'y avait pas d'autres photos.
Ryô montre la balle tirée à Falcon qui reconnaît la munition d'un black talon, une arme de haute précision. Saeko qui entre à ce moment là, révèle alors qu'elle est à la poursuite du tireur. Elle lui montre la photo de l'inconnu. Il se fait surnommer le Professeur. On dit qu'il est japonais ou d'origine japonaise. C'est un grand adepte du black talon. Saeko tient ses informations du QG de la légion étrangère en France, un corps de l'armée constituée de volontaires étrangers. Le Professeur est un gros client qui est soupçonné d'une dizaine d'assassinats, de nombreux enlèvements en Europe, d'attaques à main armée de fourgons blindés, de convois, etc. Interpol avait prévenu les autorités japonaises de son arrivée au Japon.
Un convoi de prisonniers s'apprête à quitter un centre de détention, mais le camion s'arrête sur une route de campagne. L'un des gardiens se révèle être le Professeur. Il avait placé une ceinture de C4 sur les autres gardiens pour les forcer à l'aider à faire évader 2 prisonniers très dangereux. Le Professeur doit même montrer son habilité au combat à mains nues avec l'un des deux qui est une vraie brute.
Saeko et Ryô sont dans la voiture de Saeko et Ryô apprend que le Professeur est à l'origine de l'évasion de 2 criminels redoutables. Le premier est Satoru Yamauchi, un expert en explosif, surnommé "Feux d'artifice". Il est lié de près ou de loin à tous les attentats à la bombe. Le second est Tatsuoka, surnommé la Brute qui tua 5 hommes à mains nues avant qu'on ne le neutralise. Le Professeur a un plan bien précis qu'ils leur reste à découvrir. Ryô ne pense pas que sa cible soit Emi ou City Hunter, sinon ils seraient déjà morts.
Saeko montre la photo du Professeur à Emi pour savoir s'il y a une connexion. Mais, Emi nie le connaître. S'apercevant que Ryô n'avait pas accompagné Saeko, Kaori se demande où le bougre est passé. C'est évident. Il est en train de zieuter les jeunes et jolies danseuses en plein échauffement. Il est puni par le marteau de Kaori, ce qui fait vibrer l'immeuble et fait croire à Emi qu'il y a un tremblement de terre.
Emi et Kaori passent une petite soirée de discussion, où elles se trouvent des points communs, notamment cette douleur que l'on ressent à perdre un frère ou ses parents. Ceux d'Emi sont morts 5 ans auparavant. Ryô est attaché à la niche des chiens pour passer la nuit, mais il réussit à entrer dans la salle de bain où Emi prend son bain. Il devine aussi que le Professeur est en fait le frère d'Emi. Il est projeté avec force dans la rivière par Kaori aux aguets.
Alors qu'il se rhabille à l'extérieur, Falcon vient lui apporter plus d'information sur le Professeur. Un copain de régiment du Professeur lui a révélé que le Professeur appartenait au deuxième bataillon parachutiste, dont il était le fer de lance. Et d'après l'informateur, le Professeur aurait connu l'enfer sur terre. Avec son bataillon, le Professeur participa à une mission d'attaque amphibie. Il était en première ligne. Il était le seul survivant de son régiment, encerclé par l'ennemi. Quand les alliés envoyèrent leurs bombardiers, il pensa qu'ils étaient venu le sauver mais lui aussi reçut une pluie de bombes. Tout le monde pensa qu'il avait été tué, alors qu'en fait, il avait survécu. Il se vengea de la trahison de ses supérieurs en tuant un à un ceux qui avaient donné l'ordre de bombarder. Puis, il disparut de la circulation. On voit que pendant ce temps, Emi reste éveillée dans son lit.
Le lendemain, à la répétition, Emi est moins concentrée que d'habitude et le directeur l'envoie dehors se reprendre. Kaori veut la rejoindre mais d'après Ryô, Emi est une grande professionnelle et elle doit puiser en elle la force de se retrouver. Le soir, Emi s'entraîne assidûment. Ryô vient discrètement lui poser une serviette sur la poignée de la porte du gymnase, sans la déranger. Emi s'en aperçoit.
Emi reçoit un bouquet de roses noires avec un petit mot: rendez-vous ce soir, 10h au parc d'attraction (Meiri land). Kaori ne refuse qu'Emi y aille. Trop dangereux. Mais, Emi réussit à se faufiler discrètement par la fenêtre. Elle frôle l'accident en lâchant sa corde mais Ryô est là pour la rattraper. Ensemble, ils décident d'aller au rdv. Ryô pense qu'Emi risque d'être déçue. Elle idéalise son frère, dont elle n'a que de bons souvenirs. Pour Ryô, les souvenirs sont comme des fantômes, ils sont là, tout près de nous, mais quand on croît les saisir, ils s'évanouissent.
Dans le parc d'attraction, le Professeur se tient debout en haut des rails d'un roller coaster, dominant ses 2 invités. Il a entendu parler de City Hunter en France. Sa réputation du meilleur mercenaire de la pègre internationale a dépassée les frontières. Il veut voir si Ryô est aussi bon qu'on le dit. Ryô apprend aussi qu'Emi n'a pas de liens de sang avec le Professeur, dont le véritable nom est Takiyaki Muto. Son seul but ici est de se venger du Japon, de son pays qui l'a trahi.
Avec un claquement de doigts, le Professeur donne le signal à ses complices qui font sauter le pont sur lequel devrait passer un train express. Ryô doit sauver le train et ses passagers. Sans perdre un instant, Ryô saute sur une des cabines de la grande roue en marche. Il vise et tire sur les feux de signalisation du train. Le feu passe au rouge. Le conducteur du train freine et le train s'arrête à temps. Le Professeur qui ne pensait pas que Ryô réussirait en profite pour s'enfuir.
Emi est vraiment déçue. Elle explique qu'elle a perdu ses parents à l'âge de 5 ans et a été adopté par les parents de Takiyaki. Il avait 16 ans, élève brillant, déjà diplômé d'Harvard, mais très secret. Il disparu le jour de ses 18 ans, laissant un message pour sa sœur : "Goodbye my (sweetheart)." (Déduit du titre, on ne le voit pas sur le film)
Dans son repaire, le Professeur examine le plan de Shinjuku. Dans 3 jours, il envisage de le détruire, détruire le quartier chaud où City Hunter passe le plus clair de son temps. Il appelle alors le chef de la police qui s'emporte à l'arrogance du jeune homme. Saeko prend le relais et elle sera son unique interlocuteur. Il réclame un milliard de yens, sinon il provoquera de plus graves explosions que celle de la voie ferrée. Ryô demande à Gen, son informateur de trouver le QG du professeur en localisant son ordinateur.
Kaori et Emi attendent Ryô dans un restaurant et Kaori s'efforce de convaincre Emi de renoncer à l'inauguration du nouveau train à laquelle elle doit assister. Emi veut servir d'appât pour qu'on neutralise son frère. Elle avoue à Ryô qu'elle n'a jamais fait quoique ce soit d'utile pour les gens. A l'orphelinat, elle était douée pour deviner ce que les gens attendaient d'elle. Elle avait un meilleur traitement. Une fois adoptée, elle continua ce jeu et plus on l'a traitait gentiment, plus elle souffrait, ayant l'impression de porter un masque. Un jour, elle surprit son frère dans le jardin parlant à ses roses et avouant que lui aussi jouait un rôle. Elle réalisa ce jour là qu'ils se ressemblaient plus qu'elle ne le pensait. Elle veut que Ryô empêche son frère de nuire, pour ne pas avoir à le détester encore plus.
Le Professeur appelle Saeko pour la prévenir que si sa demande n'est pas satisfaite, Shinjuku ne sera plus que de l'histoire. Pendant ce temps, Ryô recrute ses amis de Shinjuku (et ils sont nombreux) dont Erika et Gen pour lui signaler la moindre chose suspecte. Soudain, une bombe explose. Ce n'est qu'un avant goût. Le Professeur rappelle Saeko qui est avec Ryô. Il explique qu'une centaine de bombes est éparpillée un peu partout dans Shinjuku et elles sont toutes reliées. Une seule est désactivée et toutes les autres explosent, provoquant une réaction en chaîne que plus personne ne pourra arrêter. Ryô, Saeko, Gen et Falcon sont réunis autour d'une carte de Shinjuku où ils ont déjà localisé la position de 98 bombes avec les informations de ses amis partis en repérage.
A la gare de Shinjuku, Emi et Kaori vont être dans la cabine du conducteur. Le train a été automatisé en ce qui concerne les tâches les plus courantes et peut même réagir en cas d'urgence. Il y a des centaines de fans amasser dans les wagons.
Ryô comprend le plan du Professeur. Toutes les bombes sont situées sur un cercle dont le centre est Shinjuku. Et Emi inaugure au même moment un train qui va rouler sur la Yamanote (ligne de métro de Tokyo qui fait le tour de la ville) et l'hypothèse la plus probable est que le détonateur du circuit des bombes se trouvent sur le train. Le Professeur avertit Saeko que si le train était stoppé ou si Emi se levait de son siège, tout explosera. Au premier tour du train, il ne se passera rien mais au second passage dans la gare de Shinjuku, tout partira en fumée. Ça leur laisse une heure. Kaori est prévenue aussitôt par Ryô. Pour l'encourager, Ryô lui rappelle que c'est l'occasion pour elle de prouver qu'elle est capable d'assurer la protection d'Emi. La police envoie un hélicoptère pour évacuer les passagers mais Tatsuoka l'abat. Le père de Saeko ne sait pas quoi faire.
Les conseillers du chef Nogami le préviennent qu'ils doivent s'attendre au pire. Ils prévoient de détourner le train sur une voie de garage au niveau de Hosaki ou Shinagawa, sacrifiant plus de 300 passagers. Ils n'ont aucune preuve que le terroriste désamorcera les bombes une fois la rançon payée.
Kaori essaie de réconforter Emi qui commence à perdre son calme. Falcon et Ryô forcent leur passage à travers le barrage policier et Falcon utilise une autre voiture comme tremplin pour projeter sa jeep sur les rails juste devant le train. Le plan est de réussir à monter dedans. Kaori observe avec angoisse la scène. Elle devine que Ryô va tirer dans le pare-brise et avertit Emi de se baisser. La vitre est brisée mais Ryô n'arrive pas à s'accrocher à l'ouverture et tombe en dessous. Il se rattrape de justesse mais doit passer par un trappe dans le plancher de la cabine du conducteur pour entrer, juste en dessous des jupes d'Emi. Kaori retient de peu son marteau déjà parti en direction de la tête de Ryô. En passant, il a repéré la bombe qui est connectée au siège d'Emi et se trouve sous le châssis.
La seule solution est que Kaori prenne la place d'Emi. Elles font à peu près le même poids, 44 et 47 kg (Ouah!!! Elles sont super légères!!). Emi refuse d'abord mais Kaori montre encore une fois la confiance aveugle qu'elle porte à Ryô. Heureusement que Ryô se rappelle d'enlever tous les marteaux que Kaori avait sur elle. Mais, comment fait-elle pour les cacher? Le tour de passe-passe réussit, mais Ryô en profite pour peloter Emi, Kaori étant coincée sur le siège.
Tout d'un coup, il y a une petite explosion qui détache les wagons de queue. Ryô prend Emi dans ses bras et saute pour la déposer sur le wagon qui s'éloignait et revient sur le wagon de tête. On pense Emi sauvée, mais elle décide de ressauter aussi. Elle ne veut pas que Kaori risque sa vie pour elle. S'ils doivent mourir, ça sera ensemble.
Ryô saute de la locomotive pour s'accrocher à un pont. Il doit trouver une solution pour sortir Emi et Kaori de là. Le Professeur demande à Saeko de jeter l'argent dans les égouts. Des émetteurs ont été placés entre les billets. Les policiers pensent que les criminels vont récupérer l'argent à la station d'épuration vers laquelle les conduits débouchent. Mais, après un coup de téléphone des poseurs de bombe à Yumiuiri TV, des centaines de tokyoïtes se dirigent vers la station. Apparemment, le Professeur rend l'argent aux japonais. En fait, certains paquets sont déviés par le courant dans un autre conduit où Yamauchi les récupère, récoltant 100 millions de yen. Malheureusement, pour lui, Ryô est là. Saeko avait deviné la même chose et sur son chemin, elle est récupérée par Miki et Falcon qui ont emprunté un hélicoptère de la police.
Au niveau de Shinagawa, le train est aiguillé sur une autre voie. Saeko n'est pas contente et compte bien demander des comptes à son père qui refuse de lui parler. Il a peur. (^_^) Ryô demande à Falcon de tirer sur l'aiguillage. Il réussit, mais le wagon retourne sur la ligne vers Shinjuku mais c'est la Chuo line (une ligne plus courte que la Yamanote) Le train arrivera 10 minutes plus tôt. Explication: Shinagawa est une des grandes gares de Tokyo. Plusieurs grandes lignes passent par là. La police va faire évacuer le quartier de Shinjuku. C'est étrange de le voir déserté. Il ne reste qu'Erika et Gen qui ont décidé de rester, quitte à mourir, mais ils ont une grande confiance en Ryô.
Avec son lance grenade, Umibozu perce les portes du wagon. Le Porfesseur ne veut pas intervenir, parce que le jeu est plus intéressant quand l'adversaire se défend. Ryô précipite la mini dans l'ouverture et le voilà de retour sur la locomotive avec celui qui a installé la bombe. Yamauchi inverse 2 fils et il ne lui reste plus qu'à en couper un quand le Professeur l'abat d'une balle dans la tête. Umibozu part à la poursuite de l'hélico de Tatsuoka qui a déposé le Professeur sur le toit du wagon. Il va affronter Ryô. Ils sont en désaccord: le Professeur pense qu'ils sont plus proches qu'ils ne veulent bien l'admettre. Mais, Ryô a encore des attaches à la vie, alors que le Professeur ne pense pas en avoir. Kaori est terriblement inquiète sur son siège. Les 2 hommes se tirent dessus, mais Ryô n'a plus de balles tandis que le Professeur a un chargeur de plus grande capacité.
Ryô évite quand même les balles et se réfugie à l'intérieur et recharge. Le Professeur le rejoint. Ryô et le Professeur perdent leurs armes dans leur affrontement. Le Professeur sort un petit couteau pour se débarrasser de Ryô, puis le balance. Le Professeur avoue que son plan depuis le début était de faire sauter le quartier de Shinjuku et de mourir avec City Hunter et sa soeur. Chacun se jette sur leur arme respective et c'est à celui qui sera le plus rapide et le plus précis. Ryô est blessé légèrement, mais le Professeur va mourir. A l'extérieur, l'hélico de Tatsuoka est abattu par Falcon et celui de Falcon doit se poser. Il s'écrase et nos amis ont juste le temps de sortir et de courir avant qu'il n'explose.
Il ne reste qu'une minute trente avant que le train n'explose. Il y a 6 possibilités. Ryô se fit à son instinct, soulève la jupe d'Emi et comme sa culotte est bleue, Ryô choisit le fil bleu. Kaori lui fait confiance et le coupe. Il ne se passe rien. A l'agonie, le Professeur avoue qu'il lui restait bien une seule chose qui le rattachait à la vie, sa sœur et son sourire. Il meurt heureux d'avoir pu dire au revoir à son trésor.
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FILM : TV SPECIAL - GOOD BYE MY SWEET HEART 
